| Изпълнителен директор | |||
| Главен секретар | |||
| Обща администрация | Специализирана администрация | ||
| Дирекция „Административно-правно и финансово стопанско обслужване” | Дирекция „Хидрология и хидрометеорология” | Дирекция „Поддържане на корабоплавателния път” | Дирекция „Европейски програми, проекти и връзки с обществеността” |
